View of /fungiscreen/Makefile

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# TODO write header
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#  INCLUDE PIPELINE "LIBRARY" DEFS AND SAFETY CHECKS
#  (this MUST go before any rules or any includes!)
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# path to Makefile.defs can be absolute or relative
include /nfs/projects/pipeline/Makefile.defs


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#  DEFINITIONS OF VARS UNIQUE TO PROJECT
#  i.e. they don't override pipeline variables
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# include this project's makefiles
include $(PROJ_ROOT)/Makefile.source

# this must be absolute
FUNGI_TREE := $(PROJ_ROOT)/source/jason/treefile
JUKES_CANTOR := /nfs/src/dart/grammars/jukescantor.eg

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#  RULES/TARGETS THAT OVERRIDE PIPELINE: SUN GRID ENGINE
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# fungal genome hackathon and follow-up rerun
testfungi.%.xrate\
fungi00.%.xrate\
fungi01.%.xrate:
	$(ADD_TREE) $(FUNGI_TREE) segment.stock > segment.withtree.stock
	$(WINDOWLICKER) -c 100 -gff segment.gff -gr $(firstword $(subst ., ,$*)) -w 300 -d 100 -g 0.9 -b 0 -r $(SPECIES) -x $(XRATE) segment.withtree.stock -- -s -l 130 -e $(JUKES_CANTOR) -g $(GRAMMARS)/$(word 2,$(subst ., ,$*)).eg\
	> segment.xrate 2>segment.xrate-err
	touch $@


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#  RULES/TARGETS THAT OVERRIDE PIPELINE: OTHER
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# copy alignment segments to a standard directory structure,
# also converting multi-FASTA format to Stockholm
$(CHECKPOINTS)/segments:
	for i in `ls $(ORIG_SEGMENTS) | egrep ^[0-9]+$$`;\
	do\
		mkdir -pv $(SGE_IN)/$$i;\
		$(DART)/perl/fasta2stockholm.pl $(ORIG_SEGMENTS)/$$i/output.mfa > $(SGE_IN)/$$i/segment.stock;\
	done
	touch $@


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#  INCLUDE PIPELINE "LIBRARY" RULES
#  (this MUST go after all the rules!)
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include $(PIPE_ROOT)/Makefile.root